1、占比不达标。研发人员不达标，研发费用占比不足，高品收入占比不达标。某企业不注重规划，年底企业销售收入激增，导致年底找研发费用的情况频发。某研发型科技企业没有提前规划，年度入账政府补贴800万，导致补贴收入大于自产销售收入，高新技术产品收入占比不达标。1.比例不达标。R&D人员不达标，R&D费用占比不足，优质产品占比不达标。某企业不注重规划，年末销售收入激增，导致年末研发费用频繁。某R&D科技企业未提前规划，录得年度政府补贴800万元，导致补贴收入大于自产销售收入，高新技术产品收入占比不达标。

2.不同系统对相同数据的报告不一致。统计季报、火炬年报和高年报数据不一致。某企业不重视高新技术内容的申报，导致税务系统与高新技术系统之间R&D费用、员工总数、R&D人员数量不一致，导致重新认定时税务解释困难。

3.年度火炬报告中有很多交叉核对的关系。错误不能报告，警告不能合理解释。某科技企业在填报过程中，系统总是会报警，导致不能按时报送。

4.错过了报告时间。科技厅通知周期短，系统用户多，截止时间系统将在中华人民共和国科技部关闭。

5.对技术术语(基础研究与开发、科技成果、新产品定义、人员与项目关系)理解不当导致填写错误，影响三年后高申报。一个新认定的高科技企业，不知道怎么填这些数据。

6.R&D费用占销售收入的比例不达标。坪山新区某公司最后导致去年R&D费用严重偏高，税务部门认为存在数据采集偏高的嫌疑。

7.费用之间的比例和项目之间的分配不合理。例如，项目间费用的平均分配，R&D费用结构表中的平均分配，乍一看，就是专家的R&D费用。

8.采集口径。不能收取的费用，如福利费、招待费等，目前按照《高新技术企业R&D费用原则》、《高新技术企业工作管理指引》第195号收取，附加扣除收取原则为《财政部、科技部国家税务总局关于完善R&D费用税前附加扣除政策的通知》，财税[2015]119号， 以及《中华人民共和国国家税务总局关于企业R&D费用税前附加扣除政策有关问题的公告》，中华人民共和国国家税务总局公告2015年。

9.原始凭证不能证明是R&D费用。某科技企业的证据链不完整，无法证明R&D费用的真实性。

10.组织和协调。由于涉及到很多相关部门，部门之间的合作存在很大问题，难以明确部门的职责。

1、“做”账。财务管理制度和内部控制制度不健全，R&D费用很容易由单独的财务部门“制造”。

12.专业限制。财务人员对高专业水平有局限性，对高财务的理解不清晰。

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