一、根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(国令第707号)第六条第四款规定：“特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得；提供著作权的使用权取得的所得，不包括稿酬所得。”
二、根据《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第61号）第八条规定：“扣缴义务人向居民个人支付劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得时，应当按照以下方法按次或者按月预扣预缴税款：
劳务报酬、报酬和特许权使用费所得为扣除费用后的所得金额；其中，薪酬收入减少70%。
费用扣除：预扣税款时，劳务报酬、报酬、特许权使用费所得每次不超过4000元的，费用扣除按800元计算；收入每超过4000元，扣除的费用按收入的20%计算。
应纳税所得额：劳动报酬、报酬和特许权使用费所得。扣缴税款以每次所得金额为应纳税所得额计算。劳务报酬所得适用个人所得税扣缴率表2(见附件)，劳务报酬所得和特许权使用费所得适用20%的比例扣缴率。
居民个人办理年度综合收益结算时，应当依法计算劳务报酬所得、报酬所得、特许权使用费所得，并入年度综合收益计算应纳税额，多退少退。”
因此，自然人转让商标所有权属于特许权使用费所得，税额按照20%的扣缴率计算。并在办理年度综合收益结算时，依法计算劳务报酬、报酬、特许权使用费所得金额，并入年度综合收益计算应纳税额，多退少付。