深圳公司股东发生变更的，应向税务机关办理变更手续。 根据我国法律法规，纳税人纳税变更内容发生变化的，必须立即向税务机关报告变更情况。 变更深圳公司股东前，纳税人应到税务机关，填写备案变更申请表，并出示相关手续。 经核实，变更申请符合法律法规相关要求的，税务机关将受理变更。 如被告办理程序存在问题，税务机关将告知被告进行整改。 关于变更后的有效税务凭证，如果纳税人变更了税务登记证上的内容和税务登记表上的内容，此时税务机关会为纳税人重新开具新的税务登记证。 也就是说，深圳公司股东变更原税务登记证不能申请。 如果纳税人只变更税务登记表的内容，不变更原税务登记证的内容，税务机关此时给纳税人开具新的税务登记证就不容易了。 税务机关在深圳公司股东变更申请工商变更时，必须向行政部门提交一些手续材料进行研究，那么手续材料有哪些呢？首先，如果纳税人需要在工商行政管理部门更换相关有效证件，此时必须向工商企业行政管理部门出示一些相关材料。 工商行政管理部门已在深圳解决股东变更的，纳税人应在30日内向工商行政管理部门提交必要的材料，如营业执照原件及其税务登记证原件、税务登记证复印件及其税务登记表等相关材料，必须向工商行政管理部门提交。 如果纳税人进行变更的内容与工商企业行政管理部门无关，则故意立即持相关材料到税务变更管理机关申请变更。 在税务机关允许变更相关内容之初，30日内，纳税人要求深圳网上登记公司流程向税务机关出示税务登记证原件、税务登记证复印件及其税务登记表，其他相关资料可提前向税务机关咨询准备。 首先，深圳公司股东变更时，作为纳税人，应向税务机关办理变更手续。 综上所述，如果工商局部门一定要做相对变更，应该先去工商局部门办理变更手续，再去税务机关做变更。 如无需在工商部门进行变更，可立即持相关材料向税务变更部门提出申请。