一、公告背景
为加大对科技型企业特别是中小企业的政策支持力度，大力推进大众创业创新，培育创造新技术、新业态、提供新供给的生力军，促进经济升级、转型升级，2016年，科技部、财政部、国家税务总局联合下发了《关于修改印发的通知》(郭克火发[2016]32号， 以下
在《认证办法》和《工作指引》颁布后，《国家税务总局关于高新技术企业所得税优惠实施有关问题的通知》(国税函[2009]203号，以下简称“203号文件”)是与原《认证办法》和《工作指引》相匹配的税收优惠管理性质的文件，其相关内容需要及时调整，因此，特制定本公告。
二.公告主要内容
(一)明确高新技术企业享受优惠待遇的期限
根据《企业所得税法》的规定，企业所得税按纳税年度计算，因此高新技术企业也按年度享受优惠待遇。但高新技术企业证书上注明的发证时间是具体日期，不一定是完整的纳税年度，有效期为3年。这导致企业享受优惠待遇的期限与高新技术企业认证的有效期并不完全一致。因此，公告明确规定，企业取得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书颁发之年起申报享受税收优惠，并按规定向主管税务机关办理备案手续。如企业A取得的高新技术企业证书上注明的认证日期为2016年11月25日，企业A从2016年1月1日起可以连续三年享受高新技术企业税收优惠政策，即享受高新技术企业税收优惠政策的年限为2016年、2017年和2018年。
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根据上述原则，高新技术企业应在认证证书签发当年停止享受税收优惠。但鉴于其高新技术企业证书可能仍在有效期内，继续取得高新技术企业资格的可能性很大，为保护高新技术企业的利益，实现优惠政策的无缝衔接，公告中明确宣布高新技术企业在通过再认证前可暂按15%的税率预缴企业所得税， 年底前未取得高新技术企业资格的，应按规定纳税。 比如企业A的高新技术企业证书于2019年4月20日到期，企业在2019年第一季度仍可按高新技术企业15%的费率预缴。如果企业A在2019年底前重新获得高新技术企业证书，则2019年可继续享受税收优惠。高新技术企业证书未重新取得的，少缴的税款按25%的税率缴纳。
(2)明确税务机关日常管理的范围、程序和恢复期
公告在《认证办法》第十六条的基础上，进一步明确了税务机关的后续管理，主要包括以下几点:
一、明确后续管理的范围。《认证办法》颁布后，税务机关和纳税人对高新技术企业在优惠期内是否需要满足认证条件存在较大争议。经与财政部、科技部沟通，《认定办法》第十六条所称“认定条件”是一个比较宽泛的概念，既包括高新技术企业认定的条件，也包括享受税收优惠的条件。因此，公告将税务机关后续管理的范围界定为认定高新技术企业的过程和享受优惠的期限，统一管理范围，明确工作职责。【/br/】二是调整后续管理程序。此前，根据203号文件规定，税务机关发现高新技术企业不符合优惠条件的，可以追回被高新技术企业减免的企业所得税，但不取消其高新技术企业资格。根据《认定办法》第十六条，公告调整了203号文件的后续管理程序，即税务机关发现高新技术企业不符合认定条件的，应当提交认定机构进行审查。经审查，确认不符合认证条件的，认证机构应当取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴税款。
第三种是指定恢复期。为统一实施标准，公告明确将《认定办法》第十六条中的恢复期限界定为“不符合认定条件的年度”，避免因误解扩大恢复期限，有效保护纳税人合法权益。
(3)明确高新技术企业的优惠申报要求
《认定办法》和《工作指引》颁布后，认定条件、监督管理要求等。已经发生变化的，要适当调整归档材料和留存材料，备查。公告明确了这一点。在留存备查的数据中，当涉及到主要产品(服务)起核心支撑作用的技术领域、高新技术产品(服务)及其相应的收入、从业人员和科技人员、R&D费用比例等相关指标时，需留存优惠年度的数据备查。
(四)明确实施时间和衔接问题
首先，考虑到本公告加强了对高新技术企业的税收管理，按照不溯及既往的原则，明确本公告适用于2017年及以后的企业所得税汇算清缴。二、《认定办法》从2016年1月1日起实施。但根据《科技部、财政部、国家税务总局关于印发〈郭克发火〔2008〕172号〉的通知》，高新技术企业仍在有效期内。在一段时间内，不同认定方式认定的高新技术企业仍会同时存在，但认定条件和监督管理要求并不一致。为了公平合理，公告明确规定了“老办法为老，新办法为新”的处理原则，妥善解决了新旧衔接问题。也就是说，按照认定办法认定的高新技术企业按本公告规定执行，按照国科发[2008]172号文件认定的高新技术企业仍按203号文件和《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策处理办法〉的公告》(国家税务总局公告2015年第76号)的有关规定执行。三是明确废止《国家税务总局关于高新技术企业资质审查期间企业所得税预缴的公告》(2011年国家税务总局公告第4号)。
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